Con el objetivo de estimar la estructura de la población y el posible origen ancestral del Charolais cubano (CHCU) e identificar posibles huellas de selección reciente en el genoma que pudieran tener un rol importante en la adaptación a condiciones tropicales, fueron genotipados un total de 40 CHCU usando el Chip de Illumina BovineSNP50. El análisis de componentes principales mostró que CHCU se agrupan dentro del clúster, Bos tauros, próximo pero diferenciados del CHA con un 93% estimado de allelos Bos tauros . A pesar del corto período de tiempo transcurrido desde su importación a Cuba se observó diferenciación entre las razas CHCU y CHA (Fst=0.049). Se identificaron señales recientes de selección en el genoma entre CHCU y CHA. Los genes que mapean dentro de estas regiones reflejan diferentes funciones relacionadas con el sistema inmune, cambios metabólicos y tolerancia al calor (CHCU), desarrollo muscular y calidad de las carnes (CHA), que pudieran tener un rol importante en la diferenciación fenotípica de estas razas, así como en la adaptación a condiciones tropicales del CHCU.