En la universidad como institución, se han implementado modelos organizacionales tan diversos, como diversas y variadas han sido las universidades. Desde sus orígenes se requirió de una administración capaz de lograr el cumplimiento de su misión y sus objetivos, con particularidades propias del contexto universitario correspondiente y según los modelos documentados en la literatura. Es característico diferenciar los arreglos estructurales en los procesos académicos y administrativos. El presente trabajo tiene como objetivo identificar las transformaciones de las estructuras organizativas en las universidades adscritas al Ministerio de Educación Superior, las causas que lo motivaron y los impactos esperados. La investigación realizada es cualitativa, usa los métodos inductivos, histórico y de análisis, con datos recolectados de informes y experiencias estructuradas y predeterminadas, que contienen descripciones y observaciones. Se emplean técnicas de observación participativa, estudios de caso, registros de experiencias vitales, y la experiencia y aportes de las autoras. Se concluye que las adecuaciones realizadas a los diseños organizacionales en las universidades, impactan favorablemente estrategias y objetivos.