Diversos géneros microbianos son reconocidos por ocasionar enfermedades, asociadas principalmente con problemas respiratorios, de ahí la importancia de conocer los diferentes géneros microbianos presentes en ambientes en interiores, dando lugar a múltiples métodos de muestreo aerobiológico. El objetivo del trabajo fue diseñar una metodología para la caracterización cuantitativa y cualitativa de la microbiota ambiental presente en espacios docentes universitarios en El Salvador. Se realizó una revisión sistemática en la que se emplearon fuentes bibliográficas obtenidas de la búsqueda en Scopus, Web of Science y SciELO. Las categorías de análisis fueron: aerobiología, muestro aerobiológico, contaminación microbiana ambiental, métodos gravimétricos y métodos volumétricos. Se diseñó una metodología de siete pasos que permite realizar la caracterización cuantitativa y cualitativa de la microbiota en espacios docentes universitarios en El Salvador a partir del empleo del método volumétrico con recuento de viables. La metodología propuesta es novedosas en el ámbito salvadoreño en tanto incluye: criterios para la selección de los locales; el empleo de medios de cultivo suplementados (tanto para bacterias como para hongos); el uso de un captador volumétrico basado en el principio del muestreador Andersen que permite trabajar con varios volúmenes de aire en la toma de las muestras, es portátil y de fácil manejo; la determinación de los puntos de muestro en función del volumen del local y la distribución de estos según el método envolvente; y la determinación de índices ecológicos como el Cociente de similitud de Sørensen y el Índice interior/exterior.